Dia dibunuh setelah diduga berdebat dengan seorang mullah yang secara salah menuduhnya membakar Quran. Sambil berdebat, dia berkata:
"Saya seorang Muslim, dan Muslim tidak membakar Quran!"
Massa menyeret Farkhunda ke jalan dan memukulinya dengan kejam dan menginjaknya.
Dia dipukul dengan tongkat dan batu di luar masjid, kemudian ditempatkan di jalan dan ditabrak dengan mobil, menyeret tubuhnya sejauh 300 kaki. Polisi tidak memberikan perlawanan, dan mengarahkan lalu lintas di sekitar lokasi kejadian.